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真空離心濃縮儀在蛋白質(zhì)組學(xué)樣品前處理中的應(yīng)用:以微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽為例

更新時(shí)間:2025-02-19點(diǎn)擊次數(shù):726

一、引言

蛋白質(zhì)組學(xué)研究需要對(duì)復(fù)雜的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行前處理,包括蛋白質(zhì)提取、消化、脫鹽和分級(jí)等步驟。其中,脫鹽是去除樣品中鹽分和其他雜質(zhì)的關(guān)鍵步驟,對(duì)后續(xù)質(zhì)譜分析的靈敏度和分辨率至關(guān)重要。然而,傳統(tǒng)的脫鹽方法,如透析、超濾等,存在操作繁瑣、樣品損失大、耗時(shí)長(zhǎng)等問(wèn)題,難以滿足微量蛋白質(zhì)樣品處理的需求。本文將詳細(xì)介紹真空離心濃縮儀在微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中的應(yīng)用方案,以期為相關(guān)研究者提供參考。

二、實(shí)驗(yàn)材料與方法

2.1 實(shí)驗(yàn)材料

(1) 微量蛋白質(zhì)樣品(總量≤10 μg

(2) C18脫鹽柱(例如:ZipTip® C18 Pipette Tips

(3)乙腈(ACN

(4)三氟YISUANTFA

(5)真空離心濃縮儀(上海般諾BIONOON VAC-RP1

2.2 實(shí)驗(yàn)方法

2.2.1 C18脫鹽柱預(yù)處理

1. 使用100% ACN活化C18脫鹽柱,離心去除液體。

2. 使用0.1% TFA平衡C18脫鹽柱,離心去除液體。

2.2.2 樣品上樣與脫鹽

1. 將蛋白質(zhì)樣品溶解于0.1% TFA中。

2. 將樣品溶液緩慢上樣至C18脫鹽柱,離心收集流出液。

3. 使用0.1% TFA洗滌C18脫鹽柱,離心去除液體。

2.2.3 樣品洗脫

1. 使用50% ACN/0.1% TFA洗脫C18脫鹽柱,收集洗脫液。

2. 重復(fù)洗脫一次,合并兩次洗脫液。

2.2.4 真空離心濃縮

本次實(shí)驗(yàn)選用的是由上海般諾生物科技有限公司生產(chǎn)的BIONOON CONCENT PLUS真空離心濃縮儀。

1. 將洗脫液轉(zhuǎn)移至真空離心濃縮儀的離心管中。

2. 設(shè)置轉(zhuǎn)速至1500rpm,加熱溫度至30 ,真空度100mbar

3. 啟動(dòng)濃縮程序,濃縮至體積≤10 μL。

4. 使用0.1% TFA將濃縮后的樣品定容至20 μL。

三、結(jié)果與討論

3.1 脫鹽效率檢測(cè)

使用NanoDrop 2000對(duì)脫鹽前后的樣品進(jìn)行蛋白濃度檢測(cè),結(jié)果顯示:

1. 脫鹽前樣品濃度為0.5 μg/μL,體積為20 μL。

2. 脫鹽后樣品濃度為0.45 μg/μL,體積為20 μL。

3. 脫鹽效率達(dá)到90%以上。

3.2 質(zhì)譜分析

將脫鹽后的樣品進(jìn)行LC-MS/MS分析,數(shù)據(jù)分析結(jié)果顯示:

1. 質(zhì)譜信號(hào)強(qiáng)度顯著提高,信噪比明顯改善。

2. 蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量增加,低豐度蛋白質(zhì)的鑒定率提高。

3.3 討論

本案例成功地將真空離心濃縮儀應(yīng)用于微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中,有效解決了傳統(tǒng)方法操作繁瑣、樣品損失大、耗時(shí)長(zhǎng)等問(wèn)題。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,真空離心濃縮儀能夠高效、溫和地濃縮脫鹽后的蛋白質(zhì)樣品,且不會(huì)對(duì)樣品造成明顯損失。濃縮后的樣品濃度提高,滿足了質(zhì)譜分析的上樣要求,并獲得了高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。

四、結(jié)論

真空離心濃縮儀在微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中具有顯著優(yōu)勢(shì),能夠有效提高脫鹽效率,減少樣品損失,獲得高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。本案例為相關(guān)研究者提供了一種可靠的技術(shù)方案,具有重要的參考價(jià)值。

五、注意事項(xiàng)

1. 操作過(guò)程中應(yīng)佩戴手套和口罩,避免樣品污染。

2. C18脫鹽柱的預(yù)處理和洗脫條件應(yīng)根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)需求進(jìn)行調(diào)整。

3. 真空離心濃縮儀的參數(shù)設(shè)置應(yīng)根據(jù)具體儀器型號(hào)和樣品性質(zhì)進(jìn)行調(diào)整。

4. 濃縮過(guò)程中應(yīng)密切觀察樣品體積變化,避免過(guò)度濃縮導(dǎo)致樣品損失。

六、致謝

感謝實(shí)驗(yàn)室成員對(duì)本研究的支持和幫助。



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